Накопление знаний - вывод о управляемых паттернами межклеточных сигнальных потоках на основе одноклеточной и пространственной транскриптомики.
Накопление знаний - вывод о управляемых паттернами межклеточных сигнальных потоках на основе одноклеточной и пространственной транскриптомики.

Автор, Злой гений

Сегодняшние ссылки

Цели достигнуты

Реальный поток сигналов: входящий сигнал — регуляция генов — изменения целевого гена — исходящий сигнал.

фон знаний

  • Межклеточная связь управляет направленным потоком информации, опосредованным внутриклеточными генетическими модулями, что, в свою очередь, запускает отток других сигналов.
  • Клетки общаются и организуют биологическую деятельность посредством биохимических сигналов. Приток межклеточных сигналов обрабатывается внутриклеточными механизмами регуляции генов, включающими факторы транскрипции (TF) и их нижестоящие мишени, что приводит к оттоку других сигналов. Эти пространственные и временные потоки «причинности» управляют каждым биологическим процессом.
  • Биологический гомеостаз поддерживается за счет координации межклеточных потоков, и эта координация нарушается при заболевании.

Наш подход: определить взаимодействия лиганд-рецептор, при которых приток опосредован внутриклеточными процессами и вызывает последующий отток других межклеточных сигналов.

Описан межклеточный поток между тремя типами переменных конструкции: сигналами притока, внутриклеточными генными модулями и сигналами оттока.

Давайте посмотрим на этот метод

FlowSig использует выходные данные значений экспрессии генов и выводы о межклеточной коммуникации для вычислительного описания зависимого от ориентации межклеточного потока. Эти зависимости указывают на входящие межклеточные сигналы на внутриклеточные GEM (модули экспрессии генов), которые могут представлять собой клеточные обогащения отдельных ТФ или родственных наборов генов, а также на исходящие межклеточные сигналы от GEM. Во-вторых, для каждого взаимодействия лиганд-рецептор, выведенного из межклеточной коммуникации, мы извлекли нижестоящие мишени TF из базы данных OmniPath для измерения притока сигналов. Экспрессия гена рецептора количественно определяет потенциал клетки получать межклеточные сигналы, а экспрессия нижележащего TF определяет количественную степень, в которой клетка фактически получает сигналы.

Во-первых, это проверка синтетических данных.

Мультипрограммный анализ и сравнение для определения подлинности сообщений

Входной сигнал ---- регуляция TF ---- изменение экспрессии целевого гена ------ выходной сигнал (поток сигналов)

Проверка данных органоидов точно фиксирует основные движущие силы потока от клетки к клетке на основе реальных наборов биологических данных.

Выявить вызванные стимулом изменения в межклеточном потоке

Определите поток сигналов, вызванный внешними условиями, путем сравнения изменений потока сигналов в норме и при заболевании.

Использование множественных возмущений для обнаружения изменений, вызванных заболеванием

В статье проанализированы данные scRNA из клеток жидкости бронхоальвеолярного лаважа человека (BALF), взятых у здоровых людей и пациентов с умеренной или тяжелой формой COVID-19.

Определите пространственные потоки сигналов

Пример кода находится по адресуhttps://github.com/axelalmet/flowsig

Жизнь хороша, с тобой еще лучше

boy illustration
Учебное пособие по Jetpack Compose для начинающих, базовые элементы управления и макет
boy illustration
Код js веб-страницы, фон частицы, код спецэффектов
boy illustration
【новый! Суперподробное】Полное руководство по свойствам компонентов Figma.
boy illustration
🎉Обязательно к прочтению новичкам: полное руководство по написанию мини-программ WeChat с использованием программного обеспечения Cursor.
boy illustration
[Забавный проект Docker] VoceChat — еще одно приложение для мгновенного чата (IM)! Может быть встроен в любую веб-страницу!
boy illustration
Как реализовать переход по странице в HTML (html переходит на указанную страницу)
boy illustration
Как решить проблему зависания и низкой скорости при установке зависимостей с помощью npm. Существуют ли доступные источники npm, которые могут решить эту проблему?
boy illustration
Серия From Zero to Fun: Uni-App WeChat Payment Practice WeChat авторизует вход в систему и украшает страницу заказа, создает интерфейс заказа и инициирует запрос заказа
boy illustration
Серия uni-app: uni.navigateЧтобы передать скачок значения
boy illustration
Апплет WeChat настраивает верхнюю панель навигации и адаптируется к различным моделям.
boy illustration
JS-время конвертации
boy illustration
Обеспечьте бесперебойную работу ChromeDriver 125: советы по решению проблемы chromedriver.exe не найдены
boy illustration
Поле комментария, щелчок мышью, специальные эффекты, js-код
boy illustration
Объект массива перемещения объекта JS
boy illustration
Как открыть разрешение на позиционирование апплета WeChat_Как использовать WeChat для определения местонахождения друзей
boy illustration
Я даю вам два набора из 18 простых в использовании фонов холста Power BI, так что вам больше не придется возиться с цветами!
boy illustration
Получить текущее время в js_Как динамически отображать дату и время в js
boy illustration
Вам необходимо изучить сочетания клавиш vsCode для форматирования и организации кода, чтобы вам больше не приходилось настраивать формат вручную.
boy illustration
У ChatGPT большое обновление. Всего за 45 минут пресс-конференция показывает, что OpenAI сделал еще один шаг вперед.
boy illustration
Copilot облачной разработки — упрощение разработки
boy illustration
Микросборка xChatGPT с низким кодом, создание апплета чат-бота с искусственным интеллектом за пять шагов
boy illustration
CUDA Out of Memory: идеальное решение проблемы нехватки памяти CUDA
boy illustration
Анализ кластеризации отдельных ячеек, который должен освоить каждый&MarkerгенетическийВизуализация
boy illustration
vLLM: мощный инструмент для ускорения вывода ИИ
boy illustration
CodeGeeX: мощный инструмент генерации кода искусственного интеллекта, который можно использовать бесплатно в дополнение к второму пилоту.
boy illustration
Машинное обучение Реальный бой LightGBM + настройка параметров случайного поиска: точность 96,67%
boy illustration
Бесшовная интеграция, мгновенный интеллект [1]: платформа больших моделей Dify-LLM, интеграция без кодирования и встраивание в сторонние системы, более 42 тысяч звезд, чтобы стать свидетелями эксклюзивных интеллектуальных решений.
boy illustration
LM Studio для создания локальных больших моделей
boy illustration
Как определить количество слоев и нейронов скрытых слоев нейронной сети?
boy illustration
[Отслеживание целей] Подробное объяснение ByteTrack и детали кода