Автор, Злой гений

Сегодняшние ссылки

Цели достигнуты

Реальный поток сигналов: входящий сигнал — регуляция генов — изменения целевого гена — исходящий сигнал.

фон знаний

• Межклеточная связь управляет направленным потоком информации, опосредованным внутриклеточными генетическими модулями, что, в свою очередь, запускает отток других сигналов.
• Клетки общаются и организуют биологическую деятельность посредством биохимических сигналов. Приток межклеточных сигналов обрабатывается внутриклеточными механизмами регуляции генов, включающими факторы транскрипции (TF) и их нижестоящие мишени, что приводит к оттоку других сигналов. Эти пространственные и временные потоки «причинности» управляют каждым биологическим процессом.
• Биологический гомеостаз поддерживается за счет координации межклеточных потоков, и эта координация нарушается при заболевании.

Наш подход: определить взаимодействия лиганд-рецептор, при которых приток опосредован внутриклеточными процессами и вызывает последующий отток других межклеточных сигналов.

Описан межклеточный поток между тремя типами переменных конструкции: сигналами притока, внутриклеточными генными модулями и сигналами оттока.

Давайте посмотрим на этот метод

FlowSig использует выходные данные значений экспрессии генов и выводы о межклеточной коммуникации для вычислительного описания зависимого от ориентации межклеточного потока. Эти зависимости указывают на входящие межклеточные сигналы на внутриклеточные GEM (модули экспрессии генов), которые могут представлять собой клеточные обогащения отдельных ТФ или родственных наборов генов, а также на исходящие межклеточные сигналы от GEM. Во-вторых, для каждого взаимодействия лиганд-рецептор, выведенного из межклеточной коммуникации, мы извлекли нижестоящие мишени TF из базы данных OmniPath для измерения притока сигналов. Экспрессия гена рецептора количественно определяет потенциал клетки получать межклеточные сигналы, а экспрессия нижележащего TF определяет количественную степень, в которой клетка фактически получает сигналы.

Во-первых, это проверка синтетических данных.

Мультипрограммный анализ и сравнение для определения подлинности сообщений

Входной сигнал ---- регуляция TF ---- изменение экспрессии целевого гена ------ выходной сигнал (поток сигналов)

Проверка данных органоидов точно фиксирует основные движущие силы потока от клетки к клетке на основе реальных наборов биологических данных.

Выявить вызванные стимулом изменения в межклеточном потоке

Определите поток сигналов, вызванный внешними условиями, путем сравнения изменений потока сигналов в норме и при заболевании.

Использование множественных возмущений для обнаружения изменений, вызванных заболеванием

В статье проанализированы данные scRNA из клеток жидкости бронхоальвеолярного лаважа человека (BALF), взятых у здоровых людей и пациентов с умеренным или тяжелым течением COVID-19.

Определить пространственные потоки сигналов

Пример кода находится по адресуhttps://github.com/axelalmet/flowsig

Жизнь хороша, с тобой еще лучше