Если вы часто запускаете программы R, вам, естественно, захочется создать высокопроизводительный компьютер (High Performace Analytic Computer,В дальнейшем именуемыйHPAC）,Ведь часто читаются и записываются несколько гигабайт данных.,Матричные вычисления — обычное дело,Вычислительная мощность процессора,И к памяти, и к жесткому диску предъявляются высокие требования.

Хотя HPAC — ничто по сравнению со стоимостью жилья за квадратный метр, капля пепла времен для человека — как гора, поэтому многие друзья до сих пор впадают в уныние из-за финансовых ограничений. Но с горизонтальной точки зрения, ведь хорошая игровая консоль стоит десятки тысяч; с вертикальной точки зрения, если посмотреть дальше, определенно существует положительная корреляция между покупкой HPAC и количеством опубликованных статей. можете обсудить это с начальником и начать с лаборатории или группы. Вы можете выделить какие-то средства на спонсорство, а можете после работы работать сверхурочно, чтобы отвезти Диди для доставки экспресс-доставки, а можете положить шапку под ноги, когда подпеваете. улица. В любом случае, должен быть способ. Если вы продолжите читать, то я предполагаю, что у вас уже есть способ решения экономической задачи. Далее мы обсудим, как выбрать наиболее экономичную конфигурацию HPAC в диапазоне 1,5-2,5 Вт и какие вопросы необходимо решить. быть рассмотрено.

Ранее веб-мастер также писал о контенте, связанном с получением биометрического сервера 20k. На этот раз мы обсудим это более подробно и подробно. 20 тысяч руководств по покупке, установке и настройке биоинформационного сервера~

CPU

Если говорить просто о серверах, то эта концепция немного ограничена, поскольку серверы подчеркивают стабильность, такую ​​стабильность, которую не нужно отключать в течение 5 или 6 лет после включения, а требования к производительности процессора предъявляются после стабильность. Но при обсуждении HPAC мы должны сначала начать с процессора.

Конечно, многопоточные процессоры лучше, и Threadripper от AMD — лучший выбор, но Intel лучше разбирается в алгоритмах. Когда мощность относительно низкая, можно добиться огромного эффекта за счет оптимизации алгоритмов, таких как знаменитая библиотека Intel MKL (). Math Kernel Library) [1], соответствующие обзоры мы также опубликуем позже.

Если это обычная обработка данных ngs, на самом деле ее можно выполнить примерно за 1 неделю, но технология постоянно совершенствуется. Поскольку настройка HPAC — это большие инвестиции, нам следует заглянуть немного вперед. Например, Cell Ranger 10x Genomics, который в настоящее время обрабатывает данные об отдельных клетках, имеет следующие минимальные требования к конфигурации:

• 8-core Intel or AMD processor (16 cores recommended)
• 64GB RAM (128GB recommended)
• 1TB free disk space
• 64-bit CentOS/RedHat 6.0 or Ubuntu 12.04

Объединив бюджет 1,5-2,5 Вт, мы выбрали AMD Threadripper 2950X среднего и высшего уровня (базовая частота 3,5G, 16 ядер/32 потока, кэш L2+L3 40 МБ, поддержка разгона, мощность TDP 180 Вт, поддержка DDR-2933) и Intel Xeon 4212 (базовая частота 2,2 ГБ, 12 ядер/24 потока, кэш-память 16,5 МБ, Поддерживает технологию Hyper-Threading, мощность TDP 85 Вт, поддерживает два процессора DDR4-2400 в качестве ядра и конфигурируется с двумя процессорами HPAC.

Первый представляет собой собранный самостоятельно HPAC на базе процессора AMD. После фактического тестирования он имеет хорошую совместимость, стабильность и отличную производительность. Конкретная конфигурация выглядит следующим образом:

Цена не включает стоимость доставки

Справочная цена: 18 000 йен + 8 000 йен (видеокарта опционально)

Для второй модели мы выбрали хост PowerEdge T640 непосредственно с официального сайта Dell. Из-за ограниченности средств мы в основном следовали параметрам по умолчанию. Конкретная конфигурация выглядит следующим образом:

В стоимость входит упаковка и доставка

Справочная цена: 24999 иен.

После тестирования стабильность и совместимость двух компьютеров превосходны. Фактическая производительность первого хоста AMD немного лучше. Подробную оценку мы опубликуем позже.

Шасси

Давайте посмотрим на первую машину из Шасси.,Видно, что хоть и лучше, чем обычный ПК,Но по сравнению с башней Dell она все равно намного меньше.,И это кажется таким сдержанным и значимым.

(Air 540Шасси вид спереди)

Это вид сзади. Вы можете видеть, что возможности совместимости и расширения также очень сильны. Хотя система невелика, для глубокого обучения графического процессора можно установить до 4 видеокарт, а способность рассеивания тепла очень высока. эта конфигурация является устойчивой. Начните тестирование конфигурации.

(Air 540Шасси вид сзади)

Второй хост Dell намного крупнее, достигает 70 см в длину, что длиннее обычного холодильника, и весит 40 килограммов. С упаковкой он еще тяжелее, и для его подъема требуется два человека.

(Dell T640, вид спереди)

Откройте Шасси, и вы увидите густой запах сервера.,Открытая и светлая планировка,Очевидные каналы отвода тепла,Возможность расширения сверхмощности.

(Изображение распаковки Dell T640)

Ну, у каждого друга ситуация разная, выбирать ли собранную машину или фирменную машину. Проще говоря, если мы нарисуем ось XY, исходя из наших практических навыков и понимания «железа», результат будет очевиден.

(Выберите сборку или марку)

Сравнивать

В целом преимущества HPAC с AMD в качестве ядра таковы:

• Мощная производительность
• Очень хорошее соотношение цены и качества
• Большая свобода вариантов
• Шасси Маленький,Не занимает места

Есть и недостатки:

• Высокая мощность,Сравнивать Потребление электроэнергии,Летом отвод тепла – серьезная проблема
• Требуются достаточные знания об аппаратном обеспечении, поскольку на рынке часто бывает трудно отличить подлинную продукцию от поддельной.
• Можно использовать только обычную память, плохая стабильность.
• Может работать только на одном процессоре

Некоторые студенты здесь могут не понимать, почему обычная память влияет на стабильность. Фактически, в 2019 году Gene Academy [2] обнаружила, что длительное использование GATK на обычных компьютерах высокой конфигурации склонно к ошибкам. Наконец было подтверждено, что это вызвано отсутствием механизма отказоустойчивости обычной памяти. Память сервера обычно имеет регистры и ECC (называемые REG ECC или RECC), она может автоматически исправлять ошибки, чтобы гарантировать, что во время длительной работы в памяти не возникнет ошибок чтения и записи байтов. Поэтому Gene Academy рекомендует, если вы занимаетесь клиническими данными, лучше выбрать сервер.

Когда дело доходит до покупки серверов, Dell, естественно, является лучшим выбором. Хотя Dell на самом деле продает собранные машины, закупая детали у различных производителей, собирая их и затем продавая клиентам, компьютеры Dell, как старого поставщика компьютеров, имеют хорошую репутацию благодаря совместимости и стабильности. Не будем пока о похвалах. Начнем с недостатков хостов Dell:

• Шасси слишком большой,Займите место
• Производительность процессора средняя, ​​не такая хорошая, как у AMD
• Вся машина дороже

Конечно, веб-мастер покупает Dell, и веб-мастер, естественно, имеет наибольшее право голоса в преимуществах Dell, таких как:

• Стабилизировать,Шасси Хорошие показатели рассеивания тепла
• Интегрированная система управления iDRAC очень удобна
• Можно установить до 2 процессоров, всего 24 слота памяти и широкие возможности расширения.
• В цену включено предпродажное и послепродажное обслуживание.
• Собственные дисковые массивы — это мощные возможности

Наконец, я хотел бы поблагодарить доктора Тан Юаня за предоставление соответствующей информации об оборудовании и корректуру этой статьи. Тан Бо также рекомендовал новейшее оборудование для студентов, которые любят собирать устройства самостоятельно. Intel платформа и AMD Конфигурация Руководство по покупке,Серверный ответ：Руководство по покупке,Вы можете скачать его сейчас.

Позже у нас будет много контента, связанного с сервером, и мы разберем его в следующий раз.

Ссылки: 1. Использование Intel MKL с R. 2019. https://software.intel.com/en-us/articles/using-intel-mkl-with-r. 2. Gene Academy: Является ли сервер просто компьютером с высокой конфигурацией? 2019. https://blog.csdn.net/xxxie_/article/details/100133167.